微生物化肥与化肥具有互补、相辅相成的关系。
微生物肥料，能起到改善土壤结构、让土壤更肥沃的作用，间接为作物提供营养物质，但不可以当作化肥的替代品。
化肥，可直接为作物提供养分，但利用效率不高。
二者结合使用，化肥的利用效率会上升，但用量反而能够减少。
一、微生物化肥与化肥之间的关系
1、微生物肥料与化肥属于互补、相辅相成的关系。
2、微生物肥料指的是以微生物的生命活动为核心，让农作物获得特定肥料效应的肥料制品，根据微生物种类可以分为细菌类肥料、放线菌类肥料、真菌类肥料、藻类肥料、复合型微生物肥料。而化肥指的是使用化肥或物理方式制成的含有一种或多种农作物生长所需要的营养元素的肥料。
3、微生物肥料主要作用为改善土壤结构，提高土壤肥力，间接为作物提供生长所需营养物质，不可完全代替化肥使用，而化肥则是直接为作物提供生长所需营养物质，但是利用效率较低。当化肥和微生物肥料结合使用时，可以有效提高化肥的利用效率（大约从30-35%提高至70%左右），减少化肥的使用量。
二、化肥是怎么生产出来的
化肥就是化学肥料，用化学方式制造出来的，不同化肥的制造方法也不尽相同。
1、以矿物为主要原料的化肥生产工艺相对简单，矿物粉碎之后，经过酸、碱或其他化学反应形成的肥料产品。比如说磷酸二铵、过磷酸钙以及硫酸钾和氯化钾类的肥料。
2、而对于其他的类似尿素、碳铵、硫铵、硝酸钾等肥料来说，主要的原料是以化工原料为主，比如说氨气、硫酸、硝酸等经过一定化学反应之后，生产出的肥料。当然，在实际的生产过程中，工艺流程也是比较复杂的，需要经过一定的工艺，才可以形成性质稳定的颗粒状肥料。
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