杂交水稻和普通水稻的区别在于性质不同、谷壳厚度不同、谷类颜色不同、外稃痕迹不同、种子形状不同。
性质：杂交水稻，是用2个具有遗传差异、但优良性状能够互补的水稻品种杂交而来。普通水稻，只是普通的谷类作物。
谷壳厚度：杂交水稻，谷壳轻薄。普通水稻，谷壳更厚。
谷类颜色：杂交水稻，谷尖一般是紫色。普通水稻，谷尖没有颜色。
一、杂交水稻和普通水稻的区别
1、性质不同
杂交水稻主要是选用2个在遗传上有一定差异，但它们的优良性状又可以完全互补的水稻品种进行杂交，然后生产具有杂种优势的第一代杂交种；普通水稻就是谷类作物。
2、谷壳厚度不同
杂交水稻的种子谷壳比较轻薄；普通水稻的种子谷壳比较厚。
3、谷类颜色不同
杂交水稻的种子谷尖通常呈紫色；普通水稻的种子谷尖一般没有颜色。
4、外稃痕迹不同
杂交水稻的外稃和内稃交界处有一个小黑圆点；普通水稻的外稃和内稃交界处没有黑点。
5、种子形状不同
籼稻的杂交种子外形比较细长，粳稻的种子外形比较圆；杂交稻种子的腹部呈凹形，非杂交稻种子腹部呈直线。
二、谁发明的三系法杂交水稻
三系法杂交水稻是袁隆平先生发明的。
1、雄性不育系
雄性不育系是一种雄性退化（花粉退化）但雌蕊正常的母水稻，因为本身的花粉没有活力，无法进行自花授粉和结实，只能依靠外来的花粉才可以受精结实，所以借助这种母水稻（雄性不育系）作为遗传工具，进行人工辅助授粉即可生产大量杂交种子。
2、保持系
保持系是正常的水稻品种，但它具有一种特殊能力。用它的花粉授给不育系之后所产生的后代依然是雄性不育系，所以借助保持系就可以让不育系继续进行繁殖，如果失去保持系，不育系就会绝种。
3、恢复系
恢复系和保持系一样，它也是正常的水稻品种，而且也有一种特殊的能力。将其花粉授给不育系后，所产生的杂交种雄性就可以恢复正常，进行自交结实。如果该杂交种具有优势，还可以用来进行生产。
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